那“四害”是：一曰干进之害。一些官吏不把心思放在为国分忧、为民造福上，而是专门投机钻营，谋取升官发财上。“干进”的危害之处在于“人心公私如参辰之不相并，富贵重则忠义轻，举世竟进不知止足。”
二曰倾危之害。小人得志，正人遭祸。互相拆台，尔虞我诈。“倾危”的危害在于“群小妒贤……公然排挤善类，使贤士流落。”
三曰州县守令之害。疏文中认为，州县守令的选拔过于粗放、草率。选拔州官县令，不问才能和德行，只问“门路”、“后台”，这些蠢才上任后能有什么作为呢?这些家伙上任后，只能是滥竽充数、尸位素餐，甚至是敲骨吸髓，称王称霸。这种危害在于“吏治日吁，民生日瘁。”
四曰乡官(闲居在乡的高级官吏)之害。“乡官之权大于守令，横行无忌，莫敢谁何。”乡官的危害在于“乡官往往凌虐贫民，肆行吞噬。”
列举了这“四害”之后，赵南星一针见血地指出：“故救时以务除四害为急，四害不除天下不可得治。”
写罢，赵南星掷笔入砚，长长地吐出了胸中的一口闷气。然后捧起疏文，从头至尾看了一遍，颇觉满意。
夫人冯氏看着南星几分得意的神色，叹了口气。俗话说：祸从口出。这朝中的应鼎应革之事，哪个大臣心中不是明镜似的？只因当今皇上不纳忠言，故满朝文武都装聋作哑，不肯道出实情。而丈夫只是一名下级官吏，属无名小辈之列。一语不慎，触怒龙颜，那些奸佞小人再上谗言，轻者削职罢官，重者可能招来杀身之祸!
但是，二位夫人知道南星的脾气，他认准的事，你就是九头老牛也难以将他拉回来。
“唉——”二人只是默默地叹了口气，心中为他攥了一把汗。
南星将奏疏呈送内阁。首辅申时行看了之后，甚觉痛快。虽然在发展北方水田和对待雒于仁两个问题上，二人曾发生过激烈争执，但他并未给赵南星结仇，反而从内心有点喜欢这个年轻人。申时行又细细看了一遍，确实不错。
他认为这是一篇很有见地的疏文。有些官吏的疏文冗长罗嗦，言之无物；或互相攻讦，言辞偏激；或歌功颂德，讨好献媚……真正有价值的疏文并不多。他立刻将南星的疏文送万历皇帝批阅后，发到三科六部讨论。
官吏们对南星提出的问题和建议反响强烈，纷纷赞扬他有胆有识，提出的问题切中时弊，颇有警世作用。
然而，在疏文中他不客气地点名批评的官员詹仰庇、吴时来、黄洪宪等人对南星恨之入骨。他们背后密谋策划，要狠狠地“参”南星一本。因为南星这篇愤世嫉俗之议，字字句句如利剑般剌中了他们的要害。
一旦皇上采纳了他的建议，他们背后那些欺上瞒下、横行不法、贪污受贿的肮脏事被抖擞出来，轻则被摘掉乌纱，重则可能被从严惩除，性命难保……这不能不引起他们的恐慌。这是一场你死我活的斗争，胜者将官升三级，扬眉吐气；败者将被贬黜，一败涂地。
他们背后密谋策划，千方百计欲置南星于死地。
给事中李春开首先跳出来攻击赵南星。他先后连续抛出两篇疏文，恶意攻击南星。说南星资历浅薄，高傲轻狂：初入仕途，不明事理，却指手划脚。其后，詹仰庇、吴时来、黄洪宪等人像恶蝇般蜂涌而上，嗡嗡营营，一齐反对南星。
此时，面对詹、吴、黄等人的恶意攻击，“好好先生”申时行也没了主意，对南星的态度也发生了动摇。
万历皇帝不辩是非，听信了那些奸佞小人的话，打算将南星削职回籍。当时的局面，大有正不压邪、群凶逞狂之势。
然而，代表正义一方的官吏也在组织反击。正当万历皇帝让内阁草疏圣旨，欲驱逐南星之时，正派官吏给事中王继光、史孟麟、万自约，吏部同僚顾宪成，南星手下的官吏姜士昌、吴正志等人接二连三地呈上奏章，为南星辩白，帮助南星反击李春开、吴时来、詹仰庇等人。
申时行性格懦弱，左右摇摆，凡事既不敢做，也不敢当。他一看两个对立方面唇枪舌剑，你来我往，旗鼓相当，都不好惹。偏向哪一方，也会引起另一方的激烈反对，对自己的执政前景都不利。
这件事让他伤透了脑筋。如果把赵南星一撸到底，贬回老家，势必引起“东林党”一方的强烈反对；如果让赵南星继续留在朝中，邪派官吏们便会继续兴风作浪。弄不好，还会影响自己在万历皇帝心目中的形象！
老奸巨猾的申时行想了好几天，终于让他想起了一个“折衷”的好主意：把赵南星贬为官职低微的地方小官。这样做的好处是：一是让他远离朝廷，邪派官吏认为是拔去了“眼中钉”、肉中刺，其后想捣蛋也失去了理由；二是赵南星年轻有为，何时条件适合，自己大权在握，再把他提拔上来岂不是小菜一碟？想好之后，借向皇上请安之机对万历说了此事。
万历这些年只迷恋于后宫欢乐，对提拔、贬黜一两个官吏的事根本不感兴趣。听申时行一说，便随口答应。
申时行马上命人写了一道奏章，将吏部考功郎中赵南星贬为云南省一个偏远小县的县令，送万历皇帝朱批后执行。万历皇帝也为了尽早摆脱纷争，命他早日离京赴任。
初试锋芒，就遭受如此严重的挫折，对南星的精神打击很大。本来，他是抱着极大的政治热情和改革社会的决心来上疏言事的，这其间并无半点个人恩怨，他甚至同詹仰庇、吴时来之流并不认识，他只指望痛陈时政利弊得失，以期引起朝廷注意，制定一些切实可行的措施来改革社会，扶正祛邪，校劾痼疾，使社会重返正道。