进入中央控制室后皇御将通讯系统警报系统以及防御系统全部瘫痪，并启动了炸弹。
炸弹爆炸了整个暗黑十字堡陷入了混乱，但阿萨斯发现了中央区域完好无损便确定了入侵者就在那里，下令所有魔将全部进行围捕。
罗杰船长听到了爆炸声下令全体出动，分为三队进攻海盗基地，一队是由罗杰船长带领的由赛尔以及几米等机器造物组成的先锋队，二队是贾斯汀站长率领的精灵军团，三队则是彼得管理员带领的暗黑精灵军团。
罗杰船长一声令下大批军队前去了暗黑十字堡，只有罗杰船长带领的军队过去了，其他舰队则是等待信号才开始行动。
罗杰船长的舰队刚到达暗黑十字堡附近但被海盗发现了。
暗黑十字堡因为防御系统瘫痪所以很多武器都没法使用，好几个军火库也被皇御炸了，只能由十字堡旁边的军队进行反击。
暗黑十字堡内皇御的位置和身份全都暴露了，迪恩率先来到了这里找到了皇御。
迪恩带着一大群海盗士兵赶到了这里：“皇御！你这家伙居然闯到我们大本营来找死了！”
皇御笑道：“谁说我只有一个的，光暗联军的讨伐舰队已经把这里包围了，你们死定了。”
其他魔将也陆陆续续赶到了这里，抓捕皇御，皇御拿出了之前偷来的阿尔法熊，自己坐了进去进行操纵。
卡罗尔看到后非常愤怒：“那可是我们好不容易抢来的东西！你居然敢偷！”
阿尔法熊十分强悍，防御力非常强，就这样从人堆里冲了出去。
魅影架起狙击枪想要将皇御连同阿尔法熊一起摧毁：“天裂碎心枪！”
攻击打向了皇御但皇御及时放出了该洛西斯使用幽冥护盾抵挡了下来，因为海盗基地内隐藏着未知的危险，所以皇御打算继续逃跑，该洛西斯召唤了几个石柱堵住了走廊后被皇御收回。
皇御一路上横冲直撞，但两个身影冲上前将其拦下。
皇御：“来者何人！”
“海盗二把手！独眼海盗比特！”
“海盗太子！伊洛维奇！”
这两个家伙比较棘手，阿尔法熊也不一定能应付的了，后面的追兵也追了上来皇御知道此地不能久留，就在海盗以为能抓住皇御的时候皇御直接蓄力随后撞向了旁边的墙，海盗们看到这一幕有些惊讶。
皇御边跑边喊道：“没有路那就自己打通一条路！”
随后在皇御驾驶的阿尔法熊的横冲直撞下一道又一道墙壁被开了一个窟窿，混乱之中牢房被毁，吉约和艾伯也从牢房里走了出来。
吉约趁这个机会跑了，而艾伯想要抓住皇御将功补过，于是和其他人一起追了上去。
皇御冲出了暗黑十字堡来到了户外，阿尔法熊有飞行的能力所以皇御打算就这么离开，但是后面追兵也赶了上来起飞就会被击落。
众人已经开始着急了，通过窃听器他们已经知道皇御暴露了，但皇御迟迟不给信号他们也没法出动。
阿铁打着急的说道：“哎呀！信号怎么还不来！贾斯汀站长要不我们直接杀过去吧！为什么我不是罗杰船长部队的啊！”
贾斯汀：“不行，皇御说过，必须要等他的信号，我们都很着急，但也只能等，罗杰船长将你们三个分开则是为了让每一个舰队都拥有三圣石的力量。”
迪恩走了过来：“我们魔将已经很少集体出动了，你是应该感到幸运还是倒霉吧？”
皇御笑道：“这话应该是我问你才对。”
皇御将阿尔法熊的头部打开后发射了信号弹，随后其他舰队也赶到了这里，迪恩看到这一幕命令海盗全员抵抗，自己则是挥剑劈向了皇御。
但阿尔法熊的质量可是非常高的，抗下了攻击后并一拳打向飞了迪恩。
其他人也蜂拥而上，皇御将精灵全放了出来开口道：“大伙，这一战会很有趣的。”
老样子，莱茵哈特与凡尔斯负责对付他们之间强大的精灵，而机塔与该洛西斯则是对付海盗大军，海盗们全被牵制住了皇御也能进行下一步的指挥。
赛尔号的舰队也与海盗舰队交战在一起，但因为海盗有很多极其强大的高科技武器，所以赛尔号也没有那么轻松。
很快海盗的防卫系统重新启动，各种武器轰向了赛尔号的舰队，但两道身影冲了出来将导弹全部切成了两半，是贾斯汀和英卡洛斯。
贾斯汀也来到了暗黑十字堡，和皇御说要给他一个惊喜。
皇御：“什么惊喜？”
贾斯汀拿出了一个精灵胶囊说道：“你就看好吧！出来吧！库贝萨！”
库贝萨发出了一声吼叫，迪恩看到库贝萨有些不敢置信：“什么！库贝萨！”
库贝萨对海盗发起了攻击，消灭了很多海盗军队。
【注：这个库贝萨身高50米，一些巨兽在游戏里太大了所以一些体型比较离谱的我就给他们缩水一点。】
皇御看着大开杀戒的库贝萨也是一样不敢相信：“库贝萨！他是怎么进化的！”
贾斯汀笑道：“是三圣石，以英卡洛斯的上古能量作为引子加上三圣石，异能，闪光能量，反物质能量等各种能量的混合让他进化的，现在他可是非常强大的但食量也非常惊人，哎，你这身机甲不错啊，哪来的？”
皇御：“从海盗那里偷的，他们那里还有很多机甲，幻影金刚也有很多，我们去把他们全都抢来吧。”
贾斯汀笑道：“哈哈哈！不错的主意！后面的赛尔跟我们来！”
皇御和贾斯汀带队前往了实验室，艾伯想要阻挠但是被库贝萨踩了一脚后便不省人事了。
此时海盗也顾不上皇御了纷纷把目标转向了库贝萨，皇御则是带领众多来到了存放机甲的地方，这地方有很多幻影金刚以及类似于阿尔法熊的机甲，赛尔们穿上后战力提升了好几个档次，实验室内还发现了几只地球动物和一个昏迷的人类，贾斯汀站长让几个赛尔把他们送回了赛尔号。
此时罗杰船长那边也陷入了困境，虽然库贝萨实力强悍但奈何海盗太多了，就算是他也有些扛不住了。
此时的海盗的聚能炮已经瞄准了库贝萨，企图将其消灭，就在聚能炮要发射的时候机塔跳到了聚能炮面前将聚能炮轨道摧毁，但同时也引发了非常大的爆炸，机塔有天命图腾只要没死那就能复原。
海盗的舰队将火力瞄准了机塔企图将其直接消灭，就在开火的时候该洛西斯冲上前打开了暗影护盾。
火力覆盖的时间非常长该洛西斯有些撑不住了但是机塔将无尽能源的能量传给了她恢复能量，所以们两个可以说是赛尔号的最强防线了。
海盗的子弹打光了，趁着补充弹药的间隙机塔用激光四射将海盗舰队扫了下来。
库贝萨庞大的体型在陆地战场中大杀八方，海盗基本阻挡不了他的步伐了，这时候海盗这边也冲出来了一只巨兽—贝基拉。
伴随着狂暴的雷电之力贝基拉扑向了库贝萨，两大巨兽的战斗震天动地，周围的人早就跑远了。
部分海盗冲向了罗杰船长，企图先干掉他，皇御与贾斯汀率领机甲部队保护住了罗杰船长。
皇御：“抱歉啊罗杰船长，我们去拿了个东西。”
罗杰：“没事，那个巨兽有些棘手，你们有没有什么办法？”
几人也看到了和库贝萨战斗的贝基拉，狂暴的雷电轰击着库贝萨，库贝萨明显敌不过他，发出了痛苦的嚎叫声。