龙番市立医院的急诊大厅在凌晨两点被蓝光笼罩，护士们发现三名重症监护患者的输液管里，正漂浮着蒲公英状的荧光结晶——与五年前“共生计划”培育的藻类完全一致，却在接触皮肤的瞬间，析出极细的齿轮碎片。
秦明接到通知时，糖糖正抱着绒毛玩具在沙发上打盹，她发梢的金色绒毛在监控屏幕的蓝光下微微发亮。解剖室里，三名死者的心脏表面都覆盖着荧光共生体，却在右心室发现了异常：齿轮碎片正沿着冠状动脉生长，每个缺口都对准“母性代码”的关键碱基对。
“这不是自然共生，”大宝举起病理切片，荧光藻的叶绿体里嵌着微型齿轮，“齿轮在逆向吸收抗毒基因，就像当年的方舟2号换了种方式卷土重来。”林涛的痕迹分析更令人心惊：死者指甲缝里的黑色淤泥，含有与马里亚纳海沟新发现的“机械珊瑚”相同的基因序列。
天亮时，柱子匆匆赶来，他随身携带的笔记本封面渗着蓝光，里面夹着从深海带回的机械珊瑚标本：“秦大哥，国际共生委员会的潜水器在海沟失联，最后传回的画面里，珊瑚群正在吞噬抗毒基因携带者的声呐信号。”他展示的卫星图像上，全球沿海的荧光藻区正以诡异的规律收缩，唯独龙番市周边的藻类，正在向市中心的基因实验室聚集。
弟弟的视频通话带着刺耳的电流声，北极科考站的温室玻璃上布满裂痕，他培育的金色绒毛蒲公英正在成片枯萎，根系渗出的不再是分解齿轮的酶，而是与机械珊瑚相同的黑色黏液：“它们被改写了！共生基因的缺口被缝合，现在的蒲公英……会主动寻找抗毒基因并摧毁它。”
解剖室外，糖糖突然指着窗外的樱花树，花瓣上的荧光斑点正组成齿轮图案：“爸爸，花在哭。”秦明这才注意到，樱花的花蕊里藏着极小的齿轮，每个缺口都精确对应着糖糖基因里的抗毒片段——那是从他身上遗传的“母性代码”残留。
国际刑警的加密信息在正午抵达，附件是段深海录像：机械珊瑚群中央，漂浮着具半机械化的尸体，手腕的齿轮纹身缺口处，刻着糖糖的生日。“是共生委员会的首席科学家，”林涛的声音发颤，“他参与了当年的‘蒲公英计划’，现在……他的脊椎被改造成了齿轮状的基因路由器。”
秦明在死者的实验室笔记本里发现关键线索，最后一页用荧光藻汁写着：**“当共生体学会闭合缺口，人类将成为齿轮的养料。”**旁边是幅速写：糖糖的金色绒毛被齿轮绞碎，而机械珊瑚的核心，正是用她的基因培育的“完美共生体”。
深夜的基因实验室，柱子突然在糖糖的绒毛玩具里发现微型芯片，齿轮状的电路正对着她的枕头：“他们在收集她的基因信号，那些聚集的荧光藻，其实是活着的基因陷阱。”他调出城市地图，藻类的聚集点连起来，竟是个倒置的双螺旋，中心直指法医中心的解剖室。
解剖台上，秦明的手术刀悬在半空，糖糖的绒毛标本在紫外线灯下显形，每根绒毛的根部都缠着极细的齿轮丝，正在吸收抗毒基因的生物电。“这是升级版的方舟计划，”秦明突然想起三年前在深海看见的机械胚胎，“他们不再消灭缺陷，而是让共生体主动吞噬抗毒基因，把人类改造成齿轮的共生电池。”
凌晨三点，海滨公园的荧光藻突然暴走，形成巨大的齿轮屏障封锁海岸线。柱子带着糖糖躲进解剖室，少年的基因检测仪发出刺耳警报，他手腕的旧疤痕正在渗出荧光，与藻类的共振频率完全同步：“秦大哥，他们要通过我启动最终程序，用糖糖的基因制造‘完美共生体’的模板。”
秦明突然想起弟弟在北极说的话，抓起最后一支未被污染的金色绒毛蒲公英，将其基因液注入糖糖的玩具。绒毛在接触齿轮丝的瞬间，竟像活物般舒展，齿轮丝崩解时的蓝光，与糖糖发梢的金色绒毛交织，形成当年在太平洋底见过的“共生波纹”。
“缺陷从来不是需要闭合的缺口，”秦明将糖糖护在身后，看着荧光藻在绒毛的波纹中退潮，“而是让生命保持独特的呼吸孔。”机械珊瑚的崩解声从海底传来，柱子的基因检测仪显示，全球的齿轮共生体正在同步失去活性，唯独龙番市的藻类，在绒毛的安抚下，重新变回无害的荧光点缀。
黎明时分，国际刑警在深海机械珊瑚的核心，找到块刻着甲骨文的金属板，正是当年秦文远在北极留下的共生密码。板上新增的一行小字，是用齿轮碎片刻的：“当共生体开始害怕缺口，真正的危机才刚刚开始。”
解剖室的晨光里，糖糖摸着重新绽放的金色绒毛，突然咯咯笑出声：“爸爸，星星又会跳舞了！”窗外，海滨公园的荧光藻正随着海风起伏，形成永不闭合的双螺旋，而齿轮的缺口处，糖糖的金色绒毛正在轻轻摇晃——那是生命对所有试图定义“完美”的力量，最温柔却坚定的反抗。