林夜带着洛清瑶的克隆体，回到了面目全非的现实世界。黄河的星砂瀑布如咆哮的巨龙，奔腾不息，星砂在阳光的照耀下闪烁着诡异的光芒；珠穆朗玛峰上的巨型星纹水晶散发着神秘的气息，仿佛在诉说着这场灾难的恐怖。佛国联军虽已在混乱中逐渐恢复秩序，但他们的眼神中仍充满了震惊与迷茫，对眼前发生的一切不知所措。
林夜找了一个相对安全的地方安置好洛清瑶的克隆体，他的心中满是忧虑与坚定。忧虑的是如何唤醒洛清瑶，以及修复这个被初代破坏得千疮百孔的世界；坚定的是无论前方有多少艰难险阻，他都绝不退缩。然而，还没等他静下心来思考下一步的行动，整个宇宙再次发生了翻天覆地的变化。
九具星棺如同受到了某种神秘力量的召唤，在超维空间中缓缓移动，逐渐拼合在一起。它们散发着强大的光芒，每一具星棺都蕴含着难以估量的能量。随着星棺的不断靠近，空间开始扭曲，时间仿佛也失去了意义。最终，九具星棺成功拼合为创世明王。创世明王的身形巨大无比，仿佛能够撑起整个宇宙。他散发着威严而神圣的气息，眼神中却透露出一丝神秘与未知。
而此时的林夜，竟被一股无形的力量禁锢在明王心脏的位置。他能清晰地感受到明王心脏的跳动，每一次跳动都伴随着强大的能量波动。林夜试图挣脱这股禁锢的力量，但却发现自己的挣扎毫无作用。他环顾四周，只见药王谷、佛国与星骸黑市的联军已经发动了终焉打击。炮火如雨点般朝着创世明王袭来，在明王体表炸出一个个巨大的坑洞，每个坑洞之中，都逐渐浮现出七百二十个文明墓碑。墓碑上刻满了神秘的符文和图案，仿佛在诉说着这些文明曾经的辉煌与衰落。
“这到底是怎么回事？为什么会变成这样？” 林夜心中充满了疑惑和震惊。他试图弄清楚眼前的状况，但却发现一切都超出了他的理解范围。
就在这时，明王心脏迸发的能量波携带所有轮回记忆，如同汹涌的潮水般涌入林夜的脑海。在这股记忆洪流中，林夜看到了无数个轮回中的自己和洛清瑶，看到了他们的欢笑、泪水、战斗与牺牲。同时，他也看到了初代在能量流中狂笑：“新宇宙只需要绝对理性的神...” 初代的声音充满了疯狂和贪婪，他妄图创造一个完全由他掌控的新宇宙，一个没有情感、只有绝对理性的宇宙。
林夜听着初代的话，心中充满了愤怒：“初代，你这个疯子！你以为这样就能创造出一个美好的宇宙吗？没有情感的宇宙，只是一个冰冷的机器！”
然而，初代的声音依旧在他耳边回荡：“林夜，你太天真了。只有绝对理性，才能让宇宙真正地稳定和发展。你们这些被情感束缚的生物，只会让宇宙陷入无尽的混乱和纷争。”
在与初代的精神对抗中，林夜发现了创世明王更为惊人的秘密。明王的经络系统由往生客栈的银铃串联而成，每一个银铃都散发着柔和的光芒，仿佛在诉说着往生客栈的神秘故事。而明王的每个穴位，竟然都是星骸黑市的交易站。这些交易站中，涌动着星髓，星髓呈现出洛清瑶最后的微笑。那微笑如同一束温暖的阳光，穿透了林夜心中的阴霾，给予他力量和希望。
“清瑶……” 林夜看着星髓中洛清瑶的微笑，心中充满了思念和坚定。他知道，无论如何，他都不能让初代的阴谋得逞，他要拯救这个宇宙，也要唤醒洛清瑶。
但摆在林夜面前的，是一个艰难的终极抉择。引爆明王核心，或许可以摧毁初代，终结这场可怕的灾难，但这也将抹除所有文明的痕迹，无数生命将永远消失，宇宙将陷入一片死寂。而继承神格，他将获得强大的力量，有可能复活洛清瑶，但这也意味着他将成为新代格式化者，按照初代的理念重塑宇宙，让宇宙失去情感的温度。
林夜陷入了痛苦的挣扎，他的内心仿佛有两个声音在不断地争吵。一个声音告诉他，为了拯救宇宙，为了不让所有文明消失，他必须引爆明王核心；另一个声音则说，为了洛清瑶，为了那份深深的爱，他应该继承神格。
在这艰难的抉择中，林夜的脑海中不断浮现出与洛清瑶相处的点点滴滴。他们在星空下的漫步，在战斗中的相互扶持，那些美好的回忆如同璀璨的星辰，照亮了他心中的黑暗。同时，他也想到了宇宙中无数的生命，他们的欢笑、希望和梦想，都在等待着他的拯救。
“我不能让所有文明消失，也不能失去清瑶……” 林夜在心中呐喊，他试图找到一个两全其美的办法，但却发现一切都是那么的艰难。
时间在这一刻仿佛凝固，林夜的每一次呼吸都显得那么沉重。药王谷、佛国与星骸黑市联军的炮火仍在继续，创世明王的体表已经布满了伤痕，文明墓碑在炮火中若隐若现。林夜知道，他不能再这样犹豫不决，必须尽快做出决定。
终于，林夜缓缓伸出手，朝着神格的方向摸去。他的心中充满了矛盾和痛苦，但他知道，这或许是他唯一的选择。当他的手指即将触碰到神格时，明王的瞳孔突然映出第三章画面 —— 九具星棺在超维风暴中重组为生命母树。生命母树的树冠巨大无比，上面悬挂着药王谷、佛国与黑市融合的新文明果实。果实散发着诱人的光芒，仿佛蕴含着无尽的生机和希望。而在树干上，刻着初代最后的警告：“容器终将反噬...”
林夜看着明王瞳孔中的画面，心中充满了疑惑和震惊：“这是什么意思？容器终将反噬？初代到底还隐藏了什么秘密？”
还没等林夜弄清楚状况，周围的局势再次发生了变化。创世明王的身体开始剧烈颤抖，能量波动变得越来越不稳定。林夜能感觉到，明王的核心正在逐渐失控，如果不尽快采取措施，整个宇宙都将面临毁灭的危险。
“不行，我不能就这样放弃。我必须找到解决问题的办法。” 林夜咬着牙，心中再次燃起了希望。他决定暂时放下对神格的抉择，先想办法稳定明王的核心，阻止这场灾难的发生。
林夜集中精神，调动体内所有的力量，试图与明王的核心建立联系。他能感觉到，明王的核心中蕴含着一股强大的意志，这股意志与他的意志相互碰撞，产生了剧烈的冲突。但林夜没有退缩，他凭借着顽强的毅力和坚定的信念，逐渐占据了上风。
在与明王核心的对抗中，林夜发现了一个关键的线索。他发现，明王的核心中存在着一个微小的裂缝，这个裂缝似乎是初代阴谋的关键所在。林夜猜测，如果能够修复这个裂缝，或许就能稳定明王的核心，阻止宇宙的毁灭。
于是，林夜集中精神，调动体内的星砂力量，朝着明王核心的裂缝涌去。星砂力量如同一股温暖的水流，缓缓流入裂缝之中。随着星砂力量的注入，裂缝开始逐渐愈合，明王的身体也逐渐稳定下来。
“呼……” 林夜长舒一口气，心中的紧张稍微缓解了一些。但他知道，这只是暂时的，他必须尽快找到彻底解决问题的办法。
林夜再次将目光投向明王瞳孔中的画面，他仔细观察着生命母树和上面的新文明果实，试图从中找到一些启示。在观察的过程中，他发现生命母树的根系似乎与明王的经络系统有着某种微妙的联系。
“难道说，生命母树是解决问题的关键？” 林夜心中一动，他决定深入研究生命母树与明王之间的关系。
林夜集中精神，调动体内的宇宙之心的力量，试图与生命母树建立联系。宇宙之心的力量如同一道明亮的光芒，朝着生命母树延伸而去。当光芒触碰到生命母树时，生命母树开始微微颤抖，上面的新文明果实也开始闪烁着更加耀眼的光芒。
林夜能感觉到，生命母树正在回应他的呼唤。在与生命母树的交流中，林夜逐渐明白了初代警告的含义。原来，所谓的 “容器”，指的就是林夜自己。林夜作为连接所有星棺的活体星门，他的存在既是拯救宇宙的希望，也是引发危机的源头。如果他不能正确地运用自己的力量，就有可能被力量反噬，导致宇宙的毁灭。
“我明白了……” 林夜心中豁然开朗，他终于找到了问题的关键所在。他知道，自己不能盲目地继承神格或者引爆明王核心，而是要找到一种平衡的方法，既能够拯救宇宙，又能够复活洛清瑶。
林夜决定，利用生命母树的力量，修复宇宙的秩序，同时唤醒洛清瑶。他集中精神，调动生命母树的力量，将其注入明王的经络系统之中。随着生命母树力量的注入，明王的身体开始发生变化。他的体表逐渐恢复了生机，文明墓碑也逐渐消失。同时，洛清瑶的克隆体也开始有了反应，她的身体微微颤抖，眼睛缓缓睁开。
“清瑶！” 林夜激动地喊道，他看着洛清瑶，心中充满了喜悦和欣慰。
洛清瑶看着林夜，眼中充满了迷茫：“林夜，我这是怎么了？我感觉好像做了一个很长很长的梦……”
林夜紧紧地抱住洛清瑶：“清瑶，没事了，一切都过去了。我们终于战胜了初代，拯救了宇宙。”
在林夜和洛清瑶的努力下，宇宙逐渐恢复了平静。黄河的星砂瀑布渐渐消失，珠穆朗玛峰上的巨型星纹水晶也慢慢黯淡。药王谷、佛国与星骸黑市的联军也停止了攻击，他们看着逐渐恢复生机的宇宙，心中充满了感慨。
林夜和洛清瑶手牵手，站在一片美丽的星空下。他们知道，这场漫长而艰难的战斗终于画上了句号。但他们也明白，宇宙的未来依然充满了挑战，他们将继续肩负起守护宇宙的重任，迎接新的未知。
在接下来的日子里，林夜和洛清瑶开始重建宇宙。他们利用生命母树的力量，创造了新的文明，让宇宙重新焕发出勃勃生机。而那九具星棺，也成为了宇宙中的神秘遗迹，见证着这段波澜壮阔的历史……