击退黑暗势力后，基地沉浸在短暂的安宁里，可科研与军事的备战工作却丝毫未松懈。陈凡深知，黑暗势力随时可能卷土重来，提升实力刻不容缓。
科研室内，灯光彻夜长明，科研人员围绕远古文明的能量技术数据，不断推演、测试。难题接踵而至，能量的稳定转化和小型化应用成了拦路虎，传统材料难以承受能量的巨大冲击，多次实验以失败告终，科研人员的压力与日俱增。
“这样下去不是办法，我们得换个思路。”首席科学家林博士揉着布满血丝的双眼，声音疲惫却透着坚定。他带领团队重新梳理技术资料，不放过任何一个细节，在无数次理论论证和模拟实验后，终于发现一种稀有矿石与远古能量有极高兼容性。
众人立刻行动，派遣采集小队前往遥远星球采集矿石。在恶劣的环境中，采集小队克服重重困难，成功带回矿石。经过精细加工，新型能量核心被制造出来，它能高效稳定地转化能量，还大幅缩小了能量装置的体积，武器和防御系统的升级得以顺利推进。
军事训练场上，士兵们在新型武器的操作训练中挥汗如雨。新型激光炮射程更远、威力更强，精确制导系统让打击精度有了质的飞跃；单兵作战装备也完成升级，防护力和机动性大幅提升，士兵们能在复杂环境下灵活作战。
然而，和平的表象下危机悄然降临。宇宙深处，一股神秘的黑暗能量波动愈发强烈，莫拉克斯并未因上次失败而放弃，他在暗中集结力量，还与一股新的邪恶势力勾结。这股势力来自古老的暗影星系，掌握着诡异的暗影能量，能侵蚀一切物质和能量，与莫拉克斯的黑暗势力一拍即合。
他们共同谋划着一个惊天阴谋，准备对陈凡所在的基地发动致命一击。为了实现这一目标，他们在宇宙中秘密建造了一座巨型能量增幅器，能将暗影能量和黑暗能量融合、放大，制造出足以摧毁星球的强大武器。
与此同时，基地的宇宙监测系统捕捉到了异常的能量波动，但由于信号微弱且不稳定，无法准确判断来源和危险程度。陈凡召集智囊团商讨对策，大家各抒己见，却始终没有找到有效的应对方法。
“不管这股能量是什么，我们必须做好最坏的打算。”陈凡表情凝重，眼神却透着坚毅，“加快武器和防御系统的升级进度，加强宇宙监测范围和频率，务必在危险到来前掌握更多情报。”
基地再次进入紧张的备战状态，科研人员日夜赶工，优化能量技术；军事人员强化训练，提升作战能力；侦察小队被派往宇宙各处，探寻神秘能量的源头。
在一次侦察任务中，侦察小队遭遇了一股不明来历的暗影能量袭击。队员们奋力抵抗，却发现这股能量极为诡异，能迅速腐蚀战机的电子系统和能量护盾。关键时刻，一名队员利用新型能量武器的特性，释放出反向能量波，成功驱散了暗影能量，小队这才得以逃脱。
带着珍贵的情报，侦察小队返回基地。科研人员立刻对暗影能量进行分析，发现它与远古文明的能量技术存在某种微妙的联系。经过深入研究，他们找到了一种可能抵御暗影能量的方法——利用远古能量的净化特性，制造出一种特殊的防护涂层。
于是，基地开始大规模生产防护涂层，应用到武器、装备和防御设施上。众人争分夺秒，只为在危机到来前做好充分准备，迎接即将到来的生死较量，守护宇宙的和平与安宁。