在树形使徒倒下后，大雄他们带着疲惫与沉思返回了 NERV 总部。这次战斗的冲击，让每个人的内心都久久不能平静。
在总部的走廊上，大雄碰到了碇司令。
碇司令看着他，眼神深邃地说：“大雄，这次的战斗很不寻常，你们面对的是一种全新形式的使徒。我们必须尽快搞清楚它背后的原理，这对我们未来的战略至关重要。”
大雄坚定地点点头：“司令，我知道了。我们会和科研人员一起努力的。”
科研室内，气氛紧张而忙碌。科研人员们正在对从战斗现场收集的数据和样本进行分析，大家围在各种仪器前，眉头紧锁。
一位科研人员着急地说：“这个树形使徒太奇怪了，它对灵魂能量的运用方式完全超出了我们的理解范围。”
哆啦 A 梦在一旁看着数据，说：“你们看，这些灵魂影像好像是被某种特殊的频率吸引并控制的，而这个频率似乎和使徒树干上的符文有密切关系。”
胖虎挠挠头，满脸疑惑地问：“那我们有没有办法阻止它这种控制灵魂的能力呢？这可太难搞了啊。”
科研人员摇摇头，无奈地说：“目前还不清楚，但我们在研究过程中发现了一些奇怪的波动，这些波动和我们之前在其他使徒研究中发现的一些隐藏信号有相似之处。”
静香好奇地睁大眼睛，问：“隐藏信号？是什么样的信号呢？感觉好神秘啊。”
科研人员调出一些数据，指着屏幕解释道：“这些隐藏信号一直存在于使徒的能量体系中，但我们之前一直无法解读。这次树形使徒的出现，让我们发现这些信号可能和使徒之间的某种深层次联系有关，也许是一种通信方式或者是控制指令，总之很复杂。”
就在大家讨论得热火朝天的时候，警报声再次打破了平静。众人急忙赶到指挥室，大屏幕上显示出城市上空出现了巨大的能量漩涡，漩涡中闪烁着奇异的光芒，仿佛有什么东西要从中降临。
碇司令面色凝重，大声命令道：“驾驶员们，准备出击！这次的情况可能更加复杂，从能量漩涡的特征来看，很可能是一个极其强大的使徒，而且它的出现方式与以往不同，大家要小心！”
大雄、哆啦 A 梦、胖虎和静香迅速进入各自的 EVA 机体，与其他驾驶员一同飞向能量漩涡。
当他们靠近能量漩涡时，一股强大的吸力扑面而来，试图将他们的 EVA 机体卷入其中。
哆啦 A 梦急忙通过通讯器提醒：“大家小心，这股吸力很强！”
胖虎边操控机体边喊道：“哼，别想把我吸进去！我可不会这么容易就被它搞定！”他操控着 EVA 机体加大动力，试图抵抗吸力。
就在这时，一个巨大的身影从能量漩涡中缓缓浮现。这是一个形似巨大水晶球的使徒，水晶球内部有无数的光线在流动，仿佛是一个复杂的能量网络。使徒周围环绕着一层透明的护盾，护盾上闪烁着神秘的符文，这些符文和之前树形使徒树干上的符文有些相似。
大雄惊讶地说：“又是和灵魂有关的使徒吗？这看起来比之前的还难对付啊！”
“不管它是什么，我们先攻击试试！”明日香说着，驾驶 EVA 机体朝着水晶球使徒发射了一道能量光束。然而，能量光束击中护盾后，仅仅泛起了一丝涟漪，就消失不见了。
真嗣惊讶地喊道：“它的护盾好强！这可怎么办？”
渚薰冷静地观察着，缓缓说：“我们得找到护盾的弱点，盲目攻击只是浪费能量，大家先别慌。”
哆啦 A 梦启动了探测器的深度扫描模式，一边操作一边说：“我正在努力找呢，大家稍等。”过了一会儿，他兴奋地说：“我发现了，护盾上的符文在能量流动到某些特定位置时会有短暂的能量减弱现象，那些位置可能就是弱点。”
大雄立刻回应：“那我们集中攻击那些弱点！”
于是，众人调整攻击角度，朝着哆啦 A 梦所指出的护盾弱点位置发动攻击。在众人的合力攻击下，护盾开始出现一些不稳定的波动。
水晶球使徒似乎察觉到了威胁，它从水晶球内部发射出一道道能量射线，射线朝着 EVA 机体射来。
静香惊恐地叫道：“大家小心！”
驾驶员们急忙操控机体躲避，能量射线击中了周围的云层，云层瞬间被撕裂，发出耀眼的光芒。
胖虎有些着急地喊道：“我们不能一直这样被动躲避，得想办法打破它的护盾！”
哆啦 A 梦思考了一下，说：“我有个主意，我们可以用能量共鸣的方式，尝试扰乱它护盾的能量频率。我的道具中有一个能量频率调整器，我们可以利用它来实现共鸣。”
大雄问：“真的行吗？那我们试试！”
哆啦 A 梦从四次元口袋里掏出能量频率调整器，边分发给大家边说：“大家按照我的指示操作，调整自己 EVA 机体的能量频率。”
驾驶员们纷纷响应，开始调整机体能量频率，试图与水晶球使徒护盾的能量频率产生共鸣。
胖虎一边操作一边嘟囔：“这玩意儿真复杂，希望能成功啊。”
经过一番努力，他们成功地实现了部分共鸣，护盾的能量波动变得更加剧烈，开始出现一些裂痕。
哆啦 A 梦兴奋地喊道：“就是现在，继续攻击！”
众人加大攻击力度，朝着护盾的裂痕处发动更猛烈的攻击。在持续的攻击下，护盾终于被打破，水晶球使徒暴露在他们面前。
胖虎欢呼道：“哈哈，好样的！我们成功了！”
然而，还没等他们高兴太久，水晶球使徒内部的能量网络开始发生变化。光线流动的速度越来越快，使徒开始释放出一股强大的精神冲击，这股冲击直接作用在驾驶员们的意识上。
大雄突然感到一阵剧痛，仿佛有无数的声音在他脑海中回响，那些声音充满了痛苦、愤怒和绝望。他抱着头大喊：“啊！我的头好痛！”
哆啦 A 梦也受到影响，声音有些颤抖地说：“大家……大家要坚持住，这是使徒的精神攻击！”
胖虎咬牙切齿地说：“这……这感觉太糟糕了，我要把这个使徒打得粉碎！”
静香带着哭腔说：“我……我感觉我的头要裂开了，怎么办？”
真嗣通过通讯器大声喊道：“大家振作起来！这是使徒的精神攻击，我们要抵抗住！不能让它得逞！”
在痛苦中，大雄努力集中精神，他回想起之前与 EVA 机体之间产生的那种新的联系。他试图深入这种联系，用自己的意志来抵抗使徒的精神冲击。他在心中呐喊：“我不能被打败，我要保护大家！”
在他的努力下，他与 EVA 机体之间的联系变得更加紧密，仿佛 EVA 机体成为了他身体的一部分。他感受到了 EVA 机体的力量，这种力量在他的意志引导下，逐渐形成了一道精神屏障，抵挡住了使徒的精神冲击。
哆啦 A 梦惊喜地发现大雄恢复了正常，他喊道：“大雄，你做到了！”他受到大雄的鼓舞，努力抵抗精神冲击，并且帮助胖虎和静香稳定下来，“胖虎、静香，我们可以的，像大雄一样，集中精神！”
大雄喊道：“我们一起上，打败这个使徒！”
众人重新振作起来，操控着 EVA 机体朝着水晶球使徒发动攻击。他们集中火力攻击使徒内部的能量网络核心，边攻击边互相鼓励。
大雄喊：“加油，它快不行了！”
明日香回应：“没错，我们一定要打败它！”
在猛烈的攻击下，水晶球使徒的能量网络开始崩溃。
明日香兴奋地说：“它快不行了！”
最终，在众人的齐心协力下，水晶球使徒在一阵耀眼的光芒中爆炸，强大的能量波动向四周扩散，但 EVA 机体在护盾的保护下，抵挡住了这股冲击。
胖虎高兴地欢呼起来：“我们又赢了！太棒了！”
静香松了一口气，说：“是啊，但这次真的是太惊险了，尤其是那种精神攻击，我现在还有点后怕呢。”
哆啦 A 梦看着消散的使徒残骸，若有所思地说：“这次的使徒再次证明了它们的复杂性和危险性。我们必须深入研究它们的精神攻击方式，还有它们之间那些隐藏信号的联系，不然以后还会更麻烦。”
大雄点头说：“嗯，而且我发现我和 EVA 机体之间有了一种新的感觉，就好像我们能更好地相互理解了。”
真嗣回应道：“我也有这种感觉，也许这是我们在不断战斗中获得的一种成长吧。”
众人操控着 EVA 机体返回 NERV 总部，这次战斗让他们对使徒有了更深的认识，也让他们在面对未来的挑战时更加谨慎。
回到总部后，科研人员们立刻对这次战斗的数据和水晶球使徒的残骸进行分析，而大雄他们则开始对自己与 EVA 机体之间新的联系进行探索和训练。
在训练过程中，大雄发现自己能够更加自如地操控 EVA 机体，而且在模拟战斗中，他能感受到 EVA 机体的一些细微变化，仿佛机体有了自己的情感和意志。
大雄好奇地问哆啦 A 梦：“哆啦 A 梦，你说我的 EVA 机体是不是有了生命啊？”
哆啦 A 梦思考了一下，说：“也许吧，EVA 机体本来就是一种神秘的存在，我们和它们之间的联系可能比我们想象的还要复杂。也许这种新的联系是我们打开更强大力量的钥匙呢。”
胖虎在一旁兴奋地挥舞着拳头，说：“哈哈，如果是这样，那我们以后就更厉害了，那些使徒就等着被我们打败吧！”
静香则有些担忧地说：“但这种变化也可能带来一些未知的危险，我们得小心对待，不能太冲动了。”
就在他们讨论的时候，渚薰走了过来，他看着大家，一脸严肃地说：“你们所感受到的这种联系，可能是我们与使徒战斗的关键所在。但我们必须明白，这种力量如果失控，可能会带来意想不到的灾难。我们需要更加深入地了解它，掌握它的规律，不能掉以轻心。”
众人听了渚薰的话，陷入了沉思。他们知道，在这个充满危机的 EVA 世界里，每一次的进步都伴随着风险，但为了守护世界，他们必须勇敢地面对这些未知，探索更深层次的秘密，即使前方可能是万丈深渊。
而在城市的某个隐秘角落，一个神秘的黑影正在观察着 NERV 总部的一举一动。
他嘴角微微上扬，低声自语道：“他们越来越接近真相了，但这也将把他们带入更深的漩涡之中，有趣……”这个神秘黑影到底是谁？他又有着怎样的目的？这一切都如同迷雾一般，笼罩在大雄他们守护世界的道路上。