在那个黑暗的时代，疯狂的科学家凯撒，以玩弄生命为乐，将虐杀小孩视为一种实验，他的罪恶行径令人发指。
凯撒，一个被疯狂和野心吞噬的科学家，他对巨人实验的痴迷已经到了丧心病狂的地步。他坚信，通过对小孩进行残忍的实验，可以创造出强大的巨人，从而实现他统治世界的野心。
在他的实验室里，小孩们被关在狭小的笼子里，遭受着无尽的痛苦和折磨。凯撒对他们进行了各种可怕的实验，包括注射药物、切割身体、移植器官等等。这些小孩们在痛苦中挣扎着，他们的哭声和惨叫声回荡在实验室的每一个角落，但凯撒却丝毫没有怜悯之心。
随着时间的推移，凯撒的实验逐渐取得了一些成果。他成功地创造出了一些巨大的生物，但这些生物却失去了理智，变得异常凶猛和残暴。凯撒意识到，他的实验已经出现了偏差，但他却不愿意放弃，他决定继续进行实验，直到他创造出完美的巨人。
然而，凯撒的罪恶行径最终还是被人们发现了。一群勇敢的人组成了反抗军，他们决定推翻凯撒的统治，拯救那些被他囚禁的小孩。在一场激烈的战斗中，反抗军最终打败了凯撒。
当草帽团走进实验室时，他们被眼前的一幕惊呆了。在实验室的角落里，躺着一具具小孩的尸体，他们的身体已经残缺不全，脸上还带着痛苦的表情。这些小孩们，他们本应该拥有一个美好的童年，但却因为凯撒的疯狂而失去了生命。
草帽团将凯撒的实验尸体拖出了实验室，他们将他的尸体挂在了城市的广场上，以警示后人。
军基地人纷纷走上街头，他们为那些死去的小孩们默哀，同时也为疯狂科学家。
就在众人沉浸在悲痛与愤怒之中时，天空忽然暗了下来。一阵机械运转的轰鸣声传来，只见远方涌现出大量凯撒生物兵。它们身形庞大，周身散发着危险的气息。
路飞握紧拳头大喊道：“我们可不会怕你们！”其他船员也迅速做好战斗准备。索隆抽出长刀，眼神坚定；山治弹了弹烟灰，活动下腿脚。
生物兵们率先发动攻击，有的喷射火焰，有的挥舞着巨大的金属手臂砸向草帽团。路飞开启二档，灵活地穿梭在攻击之间，对着生物兵一顿拳打脚踢。索隆则施展出三刀流奥义，将靠近的生物兵斩成碎片。山治在空中飞舞，用恶魔风脚踢爆敌人。
但生物兵数量众多，源源不断涌来。乌索普拿出特制弹药射击，娜美利用天气棒引来雷电打击敌人。就在大家略显疲态之时，乔巴吃下蓝波球变身巨大驯鹿，冲进敌阵大肆破坏。
经过一番苦战，草帽团终于消灭了所有凯撒生物兵。他们站在废墟之上，望着天边的夕阳，心中充满对未来挑战的无惧。
然而，他们还没来得及喘口气，地面突然剧烈震动起来。只见一个巨大的身影缓缓升起，那竟是凯撒制造的终极人造人——融合了多种强大能力于一身的战争兵器。它全身闪烁着诡异的光芒，每踏出一步都让大地颤抖。
路飞大笑着冲上前去，“看起来很厉害嘛！”说着便朝着人造人的腿部猛击。可这人造人坚硬无比，路飞的攻击仿佛蚍蜉撼树。人造人抬起手掌，释放出一道强力光线射向路飞，千钧一发之际，罗宾伸出无数手臂组成护盾挡下了攻击。
这时，弗兰奇启动镭射光线，与人造人展开能量对轰。趁着人造人分心，布鲁克悄悄绕到背后，灵魂出窍钻进人造人体内试图破坏其核心装置。人造人察觉到内部异样，疯狂扭动身躯，布鲁克险些被震散灵魂。
关键时刻，甚平跃出水面，施展鱼人空手道重击人造人头部，使其短暂眩晕。众人抓住机会，齐心协力发出最强一击，终于将这恐怖的人造人彻底摧毁。
摧毁人造人后，草帽一伙儿稍作整顿就向着凯撒所在之处进发。他们一路披荆斩棘，突破重重机关陷阱。终于找到了躲在实验室深处瑟瑟发抖的凯撒。
路飞咧开嘴笑道：“找到你啦，大坏蛋科学家！”凯撒妄图反抗，却被路飞一拳揍晕过去。此时，凯撒的一些部下围拢过来，表示愿意追随草帽一伙儿，因为他们也受够了凯撒的残暴统治。
路飞高兴地接纳了他们，大声宣告：“那以后我们就是伙伴啦！”就在大家准备带着凯撒离开这个危险之地时，实验室的警报声突然响起。原来是凯撒之前设置的自毁程序启动了，倒计时迅速跳动。
“快跑！”索隆大喊一声，草帽一伙儿带着俘虏和新伙伴们拼尽全力冲向出口。就在倒计时归零的瞬间，他们成功冲出了即将爆炸的实验室。站在安全地带回望爆炸后的浓烟，路飞双手叉腰放声大笑：“哈哈，又一次胜利啦！”随后，他们登上桑尼号，迎着海风驶向新的旅程。