甘丹颇章政权成立之初，五世达赖作过一个统计，当时藏区共有大小寺庙约1800座，僧人近十万，格鲁派占三分之一强。经过筹划，他决定陆续兴建13座大庙，就是后人所称的十三林。此外，他还决定将江东康区原属噶玛派的稻城贡岭寺改属格鲁，增修扩大，占地500多亩，僧人定额300。稻城贡岭寺历史悠久，以壁画精美着称，镇寺之宝——鎏金弥勒佛像系五世达赖所赐。后经清廷批准，五世达赖还在滇北迪庆修建了云南最大黄庙——噶丹松赞林寺，外观雄伟，依山而建，号称小布达拉，四周青山如黛，仙女湖碧波荡漾，现为香格里拉主要景区之一。接下来，该考虑如何扩大、巩固黄教在蒙古地区的影响，每每忆及那个少年天子的形象，他就感到朝廷的托付之重。
他的思绪不由从黄教初入蒙古开始梳理，这些事情也都曾对桑结说过，所以桑结明白佛爷刚才所说“黄教两大活佛诞生了”的意思。
明朝中后期嘉靖年间，内蒙古土默特旗王公俺答汗举兵南下，由古北口入犯，逼近京师，朝野大惊，饱掠8日而返，史称“庚戌之变”。后西进安多，留驻不返，与当地藏蒙游牧部落发生利益冲突，局面混乱。朝廷派甘肃巡抚劝返无效，又无力阻止，只好封俺答汗为顺义王，以示怀柔。
俺答汗发现与当地人的矛盾还表现在宗教上。那时蒙古人信奉原始的萨满教，当地人则多信仰佛教。宗教对立导致西藏掌权的噶举上层对俺答汗冷漠排斥。他为了在宗教上寻求支持，经反复探访观察，把目光投向在群众中已有相当影响且受噶举压制的格鲁宗，主持修建了仰华寺，邀请时为哲蚌寺池巴索南嘉措会晤。双方于土默特部进入青海20年后的1578年（明万历六年）在仰华寺举行了会谈。
一天傍晚，索南正静坐默诵经文，忽听不远处传来凄厉的哭嚎声，出去一看，哭声是从一位将军帐中传出的。打听方知，将军刚刚病故，死前指定两个妻子中年轻的一个“跟他走”，天亮前须自行了断，明天一同入树棺下葬，现在正与两个年幼儿女抱头痛哭。索南被深深震惊了，居然还留存如此野蛮残酷的风俗。
“上师慈悲，求您向汗王说说留下她吧，孩子还小……”年轻妻子的母亲跪在地上哀求道。四周是许多沉默的眼睛。
“好，我去向汗王求情。”他扶起老人，向大帐走去。
俺答汗自与索南接触后，对佛教很感兴趣，每日请他讲解佛法，眼下正拿着一本经书在读，看见索南进来赶紧让座。
“汗王可曾听见外面的哭声？”
俺答汗叹口气点点头。
“佛法首重戒律，五戒首戒杀生。汗王放着人命不救，读再多经书恐也无益。”
“唉，上师有所不知，这是蒙古人祖辈传下的习俗，不满足死人的愿望活人不得安宁。”
索南微微笑道：“汗王以为人死后有无灵魂？”
“这个、这个，说不好……”
“汗王想学佛法，这正是关键，且听小僧道来。若无灵魂，一死百了，陪葬何益？又怎能搅忧活人不安？若有灵魂则必然进入轮回，来世境况好坏，端看今世善恶如何。这位将军不修阴德，临死又杀一人，且秧及老少，可谓作恶多端，必下铁围地狱，来世转为畜牲。”
看到俺答汗满脸惊疑，索南又补充道：“汗王能有今日，安享锦衣玉食，贵为人上之人，可知为何？”不待对方回答又道，“汗王尊位，人皆思之，然最终由阁下荣登，乃是……”说到此停顿一下，俺答汗情不自禁伸长脖子侧过耳朵，索南意味深长地继续道，“汗王的洪福乃是前世敬佛行善的果报，还望今生礼敬三宝，来世会更加圆满。”
俺答汗似有所悟，但又为难地说：“这习俗源自萨满教，族人皆信之，怕是一时难改。”
索南嘉措看到机会来了，果断地说……话还未出口，只听帐外如雷一般喊道：“我们愿追随上师皈依佛法。”二人吓一跳，出帐一看，黑压压不知跪着多少人，此刻天已大黑，远远近近点着不少火把。
这场面显然感染了俺答汗，他大手一挥：“好，我和大家想的一样，从现在起，我们土默特蒙古人就不再信萨满而皈依佛教了。”
下面的人一听，都兴奋地跳起来欢呼，火把也来回舞动着。
索南揪了一下汗王，向那个帐篷使了个眼色，俺答汗马上叫卫兵通知死者的妻子不用再自杀随葬了。
第二天，在仰华寺外山坡下，举行了盛大的皈依大法会，年轻的妻子和老母及两个孩子，久久跪伏在地，感谢上师救命之恩。索南嘉措站在高台之上，双手合十，表情庄严，在他劝说下，宰杀牛马殉葬的陋习也同时被废止。从此，黄教迅速传遍内蒙古，索南也得到草原人民的尊敬。
为了表示互相尊重、友好、支持，俺答汗赠予索南嘉措“达赖喇嘛”尊号，从此有了这一称谓，索南嘉措为三世，一世、二世为后来追封。索南也回赠俺答汗“梵天法王”尊号。索南嘉措富有眼光，痛感噶举派动不动就拿出明王朝封的头衔打压黄教，于是经由俺答汗向明王朝进献礼品，建立了与明王朝的联系。后来，宰相张居正命甘肃巡抚通过索南嘉措劝说俺答汗离开安多，返回蒙古。索南到兰州后，受到当年元朝对八思巴一般的隆重接待，当即给张居正复信，答应劝说。
俺答汗听从了索南嘉措的建议，于次年率人马返土默特。史书称“边境休息……数千里军民乐业，不用兵革”。俺答汗返回后，按照沿途所见汉地城廓的格局，在土默川上兴建起大漠草原有史以来第一座城市，取名“归化”（即今呼和浩特）。城北是绵绵大青山，南临滚滚黑河水，别名青城，至今仍为塞北重镇。俺答汗筑城时建造了蒙古民族首座黄庙——大召寺，现保存完好，同时在其居住城堡内也建一寺，当地人称为美岱召。
1583年，索南应邀折回青海，到塔尔寺讲经。塔尔寺一带本是宗喀巴诞生地，极为殊胜，经索南四处募化，得到大大扩建，成为黄教八大寺之一。
同年，俺答汗病逝，临终嘱咐请上师亲为其灵魂往投三善道诵经祈祷。索南从塔尔寺动身北上，一路上讲经说法，调停部落之间纷争，两年后到达归化城，为俺答汗举办了隆重的超度往生祈祷大法会。索南在归化城期间，主持修建了席力图召以增老汗王福田。后来受察哈尔首领图门汗之邀前去传法，还接待了喀尔喀阿巴代头人的拜见，赠其诺门汗称号，自此，黄教开始传入外蒙古。
1587年，在蒙古王公的请求下，明王朝赐索南嘉措“朵儿只唱”封号，意为“金刚修持者”，并以皇帝名义发出邀请。索南非常珍惜这次机会，尽管连年奔波体质很差，仍坚持前往，可惜次年即1588年（明万历十六年）圆寂于途中，俗寿46岁。
追昔抚今，五世达赖看到，一个时期来，不断有内外蒙古王公遣人邀请高僧活佛前去传法，虽是好事，终非长策，要有一个久远布局。后来，经过慎重思考，他向朝廷报请，在喀尔喀蒙古建库伦大寺，由哲布尊丹巴为该地区最高活佛，其一世由五世达赖考察确认，上报清廷批准册封。又立章嘉为内蒙古最高活佛，认证批准程序与上同，其二世、三世为康雍乾帝师，在民族宗教事务上发挥了重要作用。这哲布尊丹巴正是曾经与五世达赖辩经的觉囊僧人，而章嘉正是那场法会上跑上台“搅局”的那个小孩。
康熙十三年（1674年），吴三桂起兵反清。大约皇帝也知道吴三桂多年来交往五世达赖，于是特派钦使送去一道敕书，内云：“大兵分路进讨，若吴三桂势蹙投降，喇嘛其即执送。”五世达赖向钦使表示“当诵经祝佑圣躬康豫，咸灵远播，国祚绵长”，并在奏章中说：“吴三桂背主负国，人皆恶之，不来则已，来即缚之以献。”康熙览奏后说：“喇嘛崇尚信义，必如所奏而行。”
在整个战争期间，五世达赖从侧面配合、支持了朝廷，除了封锁金沙，严防吴军窜犯外，还在西北孤立削弱了王辅臣势力。王辅臣原系吴三桂旧将，官拜陕西提督，南北对峙之时，三桂唆使其叛清，另派大将王屏藩率劲旅由川入陕，兵指汉中，企图会合，侧击清军。此招若实现，最后胜负恐难预料。
时王辅臣进兵平凉，欲南下汉中接应吴军，唯担心甘肃提督张勇慑其后，于是煽动安多和硕特各部入边侵掠，夺占河西走廊，牵制张勇，更与蒙古兵“交相连结，欲图入掠”。朝廷接张勇奏报后，一方面表示若吴三桂“悔罪来归，亦当贷以不死”，一方面紧急下诏，要求五世达赖速止安多蒙古，勿为边患。圣旨一下，五世达赖立派数十名使者手持达赖喇嘛法谕快马北上，使者均黄缎缠头，沿途车马行人皆避让之，于是甘青局势很快得到稳定。王辅臣势单力孤，只好投降，王屏藩困守汉中，兵败自杀。若不是多处宏法、广建寺庙扩大黄教影响，恐怕根本无法靠快马法谕很快安定一方局势。
此前，清廷曾想征调和硕特各部经由西藏攻击滇北，五世达赖恳切上奏：“蒙古兵力虽强，难以进边，纵得城池，恐其贪据，且西南地热，风土不宜。”这一建议着眼于西藏乃至西南地区的长远稳定，可谓虑事深远，得到皇帝赞同。
16世纪，莫斯科大公伊凡四世积极东扩，先后征服了蒙古人统治的喀山汗国、阿斯特拉罕汗国和西伯利亚汗国，贪婪的目光投向贝加尔以东至黑龙江流域大片土地。趁明清交替之际，沙皇先后派出以波雅科夫、哈巴罗夫为首的殖民军，侵入我国东北地区，并构建雅克萨和尼布楚要塞，作为尔后东进海岸南达长城的军事基地。顺治年间，清廷就曾发动数次讨伐，在今俄罗斯远东城市哈巴罗夫斯克附近，歼灭哈巴罗夫副手斯捷潘诺夫全军。康熙在平定三藩、收复台湾后，于1684至1686年，派宁古塔将军巴海、副都统萨布素统兵围剿雅克萨，先是击败俄援军，俘获头目额里克什，再逐次围困，激战三个月，毙其首领图尔布青，力拔要塞。1689年，签订《尼布楚条约》后，沙俄才退出了侵占的中国领土。
战前，康熙曾派人搜集相关情报，发现俄军才四百人，且多年来，从未派遣过千人以上的军队，不禁称奇：“万里跋涉，他们靠什么在当地立足？”原来是靠威胁利诱、收买少数头人。上次俄军能在失败被迫退出城堡后，再次潜入，就是靠头人根特木尔的帮助。由此，康熙深知，这一仗能否取胜以及能否巩固战果，关键在喀尔喀蒙古人的向背。在这条看不见的争夺人心战线上，清廷借助达赖喇嘛的宗教影响，获得了优胜。条约签订次年，外蒙古三汗王都输诚归附。
至此，康熙皇帝更深刻的理解了“一座喇嘛庙，胜抵十万兵”这个谚语，也更加重视与达赖喇嘛的关系。
后来，康熙在承德修造避暑山庄时，周围多建寺庙，为迎接达赖、班禅还专门修建了“普陀宗乘之庙”和“须弥福寿之庙”，其建筑之宏伟壮丽，令人叹为观止。因夏天内地炎热，康熙还多次在避暑山庄内接见蒙藏维等少数民族代表，并在山庄内“万树园”景区，架设蒙古包，刻意营造草原风光。考虑到五台山历来为各族佛徒心目中的圣地，为方便蒙古人朝拜，康熙还特在台内增修扩充黄庙二十余座，统管全山黄教的菩萨顶扎萨克大喇嘛，也须由达赖喇嘛亲自委任，报清廷批准、赏穿黄袍后方才生效。正是由于这样的策略以及一系列的措施，才出现了“内外蒙古王公台吉，驱驼马牛羊数千里，倾城贡献者，不绝于道”的昌盛景象。