自从陈玉成邀请西河会和旧教到陕西传授经义，已经得到两派热烈的回应。尤其是西河会更不想放过扩大地盘和会众的机会，已经派出多名长老来到陕西。虽然陈玉成不允许他们在汉人中发展会众，更不允许带有强制性的入会。
不过他们积极在被俘的红脖子会会众当中发展会众，扩大影响。至于旧教，据额尔齐木毕里克传来的消息，禹得水等投降较早的会众已经宣布回归旧教，禹得水更是成为旧教在西安的大长老。
旧教和西河会挖墙脚的行为，极大地刺激了红脖子会的会首马成龙。马成龙于十二月初二在灵州宣布举义，率灵州一带500堡寨会众自卫保会。并号所有族众不分派别团结起来，共同推翻满清统治，清除当中那些腐朽分子和为虎作伥的叛徒。杀光一切不肯入会的各族百姓，在陕甘建立一个纯正的会众国家。
马成龙坐镇金积堡，指挥宁、灵、平、固、秦等地的红脖子会会众，大肆屠杀、掠夺各族民众，强制各族民众入会。同时对于其他会派的会众，也是以武力强迫他们接受红脖子会经义，同时从中选拔丁壮，强令从军。
十二月十五日，马成龙率领会众攻打灵州，城中内应当即打开城门，马成龙当下占领灵州，尽杀两万城内其他各族民众，接着又占领宁夏府城，宁夏府数十万其他各族百姓被杀。
受马成龙的蛊惑，邠乾二州的会众开始反叛。不过他们见识太多官军对待擅杀汉人者的残酷手段，同时二州的汉民结寨联保，居住分散的汉民要么逃亡到官军控制区，要么藏入深山之中。和历史上不同，邠乾二州被叛匪屠杀的汉民并不多。在早有准备的官军剿杀下，没有核心人物带领的邠乾叛匪很快支撑不住，和官军玩起麻雀战和游击战。
凤翔府的形势稍微好些，在崔成义的一再安抚下，以及已经完成东部剿匪任务宋景诗部的震慑下，尚未形成大规模叛乱。不过也有不少不肯听从崔成义的会众，在马成龙的蛊惑，开始小股叛乱，在官军的剿杀下，余部向平凉逃去。
虽然明白这是官府挑唆新老教派的又一次争斗，可是对于红脖子会赤裸裸地宣战，以及对本派会众的迫害，西河会自然不甘示弱。会首马归真、河州大长老马壮元当即宣布，红脖子会邪教惑众、残忍好杀，为害国家，西河会将拥护并协助官府镇压邪教叛乱，同时派出本会会兵前往平凉，保护无辜会汉百姓不受邪教会众的伤害。
“放心吧！这些老兄弟命都金贵着呢。打仗时都是那些地主团练和投降的叛匪冲在前，咱们那些老兄弟要么压压阵，要么在后方训练新兵，都安全的很。”陈玉成答道。
陈玉成回答的很轻松，可是前线实际情况要比这紧张得多。正如陈德才所说，因为地理的缘故，邠乾二州叛匪马军众多，且二州多塬梁丘陵沟壑，叛军又仗着熟悉地形，机动性高，已经接连吃掉了几股满蒙马队。额尔齐木毕里克一看战况吃紧，当即送来信函，要陈玉成调新军前往支援。
新军训练不过三月，而且装备很差，这样的情况下拉上去，除了增加人员伤亡外，再无一点用处。所以陈玉成只能写信额尔齐木毕里克，告诫他宁可坐视会乱大规模爆发，也不要把新军随随便便拉上去。
毕竟这些新兵在太平军老兵的教导下，思想已经发生根本性变化。清朝用来愚弄百姓的朱程理学，完全被扔入废纸堆。新军的思想教育完全从国家大义和百姓利益角度出发，忠于国家，爱护百姓，保家卫国，抗击一切危害中国利益的外国侵略者，保卫国家和领土安全，打击一切分裂国家的行为，保护国家领土的完整等等。
除此以外，新军还强化了文化教育。和后世的一支部队一样，每个人都发放一个小黑板和粉笔，由各部中的文书负责教导，并且作为各部队考核的重要指标。
新军军的编制和军事训练也与这个时代中国军队不同，编制是完全按照这个时代的形势，参照欧洲尤其是普鲁士军队的做法，实行全民义务兵制。18岁至30岁之间的男丁，均有服兵役的义务。服役期为4年，服役期结束以后，则转为地方乡勇。
乡勇之外，还有预备兵，预备兵都是应该服役而未服役的应征青年。预备役期间，每年冬夏闲暇之际，都要在乡、都、图练总的组织下，老兵的带领指导下，参加军事训练或军事演习。对于每一个预备役士兵，军队都有随时征调的权利。实行准军事部队和预备役以后，各地地主武装逐步取消，将各地团练公局统一掌握在官府手中。
新军又分为野战兵和守备兵，野战兵全部为在役兵士，为常备兵，负责应对大股叛匪和敌人；守备部队则是在役军官指挥下的乡勇和预备兵，主要负责地方安全和守卫。一般情况下，野战部队的兵源补充主要从预备兵中选拔。
野战部队按照炮火集中的原则，分设炮兵、骑兵和步兵三个兵种。炮兵最高单位为炮翼（相当于师级单位），骑兵最高单位为骑兵镇（相当于军）。步兵作为主力兵种，最高单位为纵。纵以下分为镇（军）、翼（师）、标（团）、营、队（连）、排、棚。队以上设侦察单位，最小单位为侦察伍。
每镇步队左右2翼，每翼2标，每标3营，每营4队，每队3排，每排3棚；马队、炮队各1标，每标3营，每营马4队、炮3队；工程队1营，每营4队，每队3排；辎重队1营，每营4队。步队、炮队、工程队每队皆3排，每排3棚；马队2排，每排2棚；辎重队2排，每排3棚。另有鼓乐一队。各兵种每棚正副目2名，正兵4名，副兵8名。
全镇拥有军官及司事人员748人，弁目人，兵卒夫役1328人，共人。
步兵的军事训练主要分为体力训练、队列队形训练和作战技能训练。体力训练则是在背负背包、枪支、弹药以及水壶等，全重约在40斤的情况下，一天之内快速行军80里为合格。标准根据士兵体能增加情况再做提升。
队列队形训练则是应这个时代排队枪毙的要求进行训练。不过随着后膛枪的逐步装备，排队枪毙已经不适应新形势的要求，不过陈玉成仍然把队形训练作为重点，是因为队形训练还可以发展兵士的注意力和空间定向能力、集体动作协调性和组织纪律性，同时增强部队内部的团结和荣誉感。
军事技能训练则包括较多，结合这个时代的作战特点，军事技能的训练主要以单兵射击训练和刺刀训练为主。只是新军火器装备极少，所以新军兵士的训练时只能以少量洋枪进行轮流实战训练，辅以木枪进行模拟射击和刺杀训练。其它的还包括协助配合训练、战防工事筑建训练等等。
新军的思想灌输完全是陈玉成照搬后世军队的教育理论。这些人无论从思想上，或是从装备训练上，和陕西的官军、太平军以及宋景诗的捻军都有不同，他们将是将构成日后中国军队的主体，也是陈玉成为未来中国打造的一支利剑。