NERV本部，地底大空洞，金字塔型指挥总部内，有一间处于顶层的秘密会议室。这是NERV司令官专用的办公室。
而此时一位戴着墨镜，穿着黑色西装的男性正坐在办公桌面前，他就是NERV本部的最高司令官碇源渡。
“碇，那个突然出现的年轻人，你真的让他坐在三号机上？”
在碇源渡的身边，是一位头发花白的中年人，只见他有些疑惑的看着碇源渡说道，似乎对这位新来的适格者和EVA三号机颇为怀疑。
“冬月，一切都还是按计划执行，我们不需要惊动SEELE，而且按照我的情报显示，三号机本身就有问题，所以才会送到我们这里来。那些老头子们是想试探我们的底细！就让那个身份不明的适格者作为牺牲品好了。”碇源渡将两手交叉在身前，冷冷的笑着说道。
“一个无辜的牺牲者，不知道这样的牺牲者还需要多少个，才能完成我们的计划！”这位被称为冬月的中年人有些不忍的说道。
“冬月，很快，我们的计划一定会成功。相信我！”
。。。
同一时间，在松代的三号机启动实验场地，大量的指挥车正部署在一座环形山外部，而即将启动的三号机则被部署在环形山内部，这是为了避免可能的危险性。
环形山周围厚实的山体可以有效的遮蔽爆炸冲击波，这样即使发生了EVA暴走事件，也可以将自爆的危险限制在一个极为狭小的范围内。
在指挥车上，一位身穿红色制服的黑发丽人正在紧紧的盯着屏幕上的数据，只见她皱着眉头看着驾驶舱中的那个黑发少年，似乎非常不放心的样子。
“怎么了，我们的葛城美里少校有什么担忧吗？”
一位身穿白大褂的中年女性打趣的说道。这位女性留着一头黄色的中长发，看起来相当精明干练。不过她似乎和这位黑色长发的丽人是好友，在她面前说起话来，相当放松。
“律子，你不觉得奇怪吗，一名MAGI电脑毫无记录的驾驶员，一名NERV第二支部唯一的幸存者，这一切看起来似乎也太巧合了。更奇怪的是，他并不是最佳的驾驶员候选者，但是碇司令却同意让这位少年进行启动实验，这可是S2机关搭载实验，万一再次发生暴走，那该怎么办？难道他们忘了NERV第二支部的前车之鉴吗？”
“美里，你应该明白，碇司令不会无缘无故的制定这位少年驾驶三号机的，相信他的判断吧！”
“哼，你还是跟以前一样，只会相信那个男人，说的好像世界上其他人都不可信一样！”美里听到律子的话，立刻不爽的反驳道。
对于自己好友的反驳，律子只能笑一笑，不再言语。毕竟有很多事情，即使是自己的闺蜜也无从知晓，作为知道碇源渡真正计划的知情人之一，她只能暗中帮助这个他仰慕的男人，并无条件的相信他。这是律子的悲哀，也是她的母亲的悲哀。
有时候，律子都会不禁嘲笑自己，她和她的母亲居然都钟情于这个看似冷酷无情的中年大叔，这是一种诅咒吗？
就在律子陷入沉思时，三号机启动倒计时开始了。
“电源接驳正常！”
“三号机同步率处于正常状态！”
“所有神经信号连接正常！”
“三号机S2机关搭载实验开始启动！”
“倒计时十秒，准备切断外部电源，激活S2机关！”
“十九八七。。三二一！S2机关启动！”
就在操作人员按下启动按钮后，一道巨大的光芒冲天而起！
恐怖的冲击波横扫了整个环形山，将布置在周围的探测器全部摧毁。
方圆一公里内所有物体都被这恐怖的冲击波横扫一空。
看到显示屏上的蓝色信号，美里下意识的喊道：“蓝色波纹，这不可能，三号机是使徒！”
轰！
可惜还没等美里反应过来，巨大的冲击波就掠过了指挥车，而她也眼前一黑，失去了知觉！
而此时在NERV本部内，中央电脑MAGI发出了刺耳的警报声。
“警报，侦测到蓝色波纹，是使徒，有使徒侵入了第三新东京市范围！”
“立刻调用周围的摄像头，显示在主屏幕上！”
滴！
随着屏幕上一阵闪烁，三号机的形象就出现其上。
“哦！天哪！”
这些坐镇NERV指挥部的操作人员看到使徒居然是三号机时，纷纷惊呆了！
在他们的印象中，使徒就是人类的敌人，而EVA是人类制造出来抵抗使徒的武器。两者应该是水与火的关系，但是现在人类制造的EVA居然成为了使徒，这使得所有工作人员深深的开始怀疑，EVA到底是什么！
而另外一边，监控人员通过三号机体内的显示图像，发现大量蓝色的特殊物质正在快速侵入三号机内部，随着这些蓝色物质侵入，三号机体内的信号监控装置正在逐一失效，这表明三号机正在快速向使徒化发展。
这是NERV从未见过的侵蚀型使徒，对方居然附身在EVA三号机身上，并以极快的速度寄生并掌控了EVA三号机，将其变为了使徒傀儡，徒留EVA的外壳罢了！
“侦测到驾驶舱处于深度污染区，监控装置已经离线，无法监控到驾驶舱内部状况！”
听到下属的报告，坐在指挥席上的碇源渡冷酷的说道：“对方已经不是EVA三号机了，现在将其定义为使徒，准备发射零号机，初号机和二号机，将其歼灭！”
听到碇源渡的命令，在场所有的人员心中都有一丝不太舒服。
人类制造的武器变成了人类的敌人，现在还要派出EVA来消灭EVA，他们到底在和什么东西在作战！
很快，做好战斗准备的三架EVA机体就严阵以待的出现在对方必需经过的豁口！
而等到三位坐在EVA的驾驶员看到对方使徒的样子时，一位少年的惊呼声传了过来。
“父亲，那是EVA，那不是使徒！”
“不，对方已经被使徒侵袭，现在MAGI中央电脑将其判定为使徒，你们的任务就是消灭它！”碇源渡冷冷的回答道！
“可是，可是，上面还有一位驾驶员呢！他是人类啊！”这位名为碇真嗣的少年依然不愿意执行任务。
如果说为了人类的生存，让他去驾驶EVA消灭使徒，他可以说服自己的内心。但是要他亲手杀死一个人类，还是和他年纪相仿的少年时，这位心理脆弱的驾驶员根本就下不去手。
“哼！窝囊废，你就待在一旁吧！让本小姐来解决对方，无论是使徒还是EVA，只要是本小姐的敌人，统统消灭！”
“不要，明日香！对方机体上还有一位驾驶员！”听到明日香的话，碇真嗣立刻想要阻止对方。
可惜性格天生懦弱的他如何能够阻挡一位天生强势的少女。
EVA和EVA之间的战斗一触即发！