经过一天一夜的苦战，就在和平主义者的城市即将告破之时，擎天柱带着人类的军队前来支援，这一次他要和威震天拼死一搏。机器恐龙们和大力神纠缠起来，而擎天柱重创了措不及防的掠夺者军队，并和自己的老对手威震天进行了一场决斗。
擎天柱原本已经取得胜利，遗憾的是因为要照顾闯入战场的热破，擎天柱被威震天耍诡计重创。在威震天自认为取得胜利之时擎天柱给了威震天狠狠一击，双方两败俱伤。
眼看擎天柱就要牺牲，和平主义者们悲痛万分。擎天柱将领袖模块交给通天晓，要他带领汽车人继续战斗，而宇宙中游荡的宇宙大帝借此查探到领袖模块的位置，目睹了通天晓收起了领袖模块的宇宙大帝发出了愤怒的咆哮。
因为领袖模块是元始天尊的法宝之一，是至尊老祖后来交给元始天尊，用来克制宇宙大帝的。
威震天因伤势过重，被叛变的红蜘蛛抓住机会夺取了掠夺主义者的最高权力，然后威震天和其他残废的掠夺主义者一起遗弃到宇宙中，成为宇宙垃圾。
本以为一切都完了，但一个神秘而强大的机器星球出现在威震天面前，他就是宇宙大帝——一颗可以吞噬一切的机器星球，拥有轻而易举毁灭诸多宇宙的无穷力量的终极怪物。
为了摧毁自己唯一的威胁——领袖模块，宇宙大帝给了垂死的威震天新的力量和身体，并给他改名为惊破天，并用其他掠夺主义者的零件改造成他新的部下——狂飙、瘟疫和扫荡队们，并给予他一艘新的飞船去执行任务，惊破天带着部下向塞伯坦恩进发，而宇宙大帝也向着塞伯坦恩方向移动。
塞伯坦恩上红蜘蛛正在为自己成为掠夺主义者的新领袖举行加冕典礼，此时惊破天带着狂飙等人从天而降。惊破天杀死了篡权的红蜘蛛，夺回了掠夺主义者的指挥权。与此同时，宇宙大帝吞噬着各个星球以提升自己的能量，包括塞伯坦恩的两颗卫星也没能幸免于难。来不及撤退的汽车人被吞噬到宇宙大帝的体内，情况十分危急，大黄蜂和斯派克在卫星基地上引爆了星球炸弹，但宇宙大帝毫发无损，大黄蜂和斯派克也被他吞下肚子。
目睹宇宙大帝吞噬塞伯坦恩卫星的惊破天十分愤怒，但在宇宙大帝的强大力量面前他无力反抗，不得不表示服从。宇宙大帝以其强大的能量控制着惊破天，并要他抢到领袖模块，将和平主义者赶尽杀绝。
惊破天带人突袭了地球的机器人城，在这寡不敌众的危急时刻，为了保存实力，地球上的和平主义者们不得不放弃地球，乘飞船离开。
从地球机器人城逃出的热破和通天晓，分别驾驶飞船带着部分同伴在宇宙中寻找可以落脚的地方，无奈惊破天一路追击，和平主义者们的飞船都被破坏，两架飞船被迫降落在两颗不同的星球上，而自以为消灭了和平主义者的惊破天被宇宙大帝再一次折磨，并被宇宙大帝安排去垃圾星继续追击通天晓。
然而和平主义者们不仅仅要面临掠夺主义者的围追堵截，还有来自这两颗星球上的生物的威胁。热破他们遭到了五面怪的死亡审判，幸好有机器恐龙及时赶来救援，击败了五面怪和鲨鱼精。
幸免于难的热破等人在通天晓等人降落的垃圾星球上借助宇宙通用语和垃圾星人成了朋友，联合起来对抗恐怖的宇宙大帝。而通天晓他们则在此之前被惊破天追上，最终通天晓被杀，领袖模块也被惊破天抢走。
惊破天抢到了领袖模块后，立刻用领袖模块要挟宇宙大帝，能控制宇宙大帝就能控制整个宇宙。
被激怒的宇宙大帝冷冷的告诉惊破天:
“你低估我了。”
宇宙大帝随之变形成和星球一般大小的机器人，决意毁灭塞伯坦恩星球，
因为他已经发现赛博坦恩星外表坚固的护甲下就是沉睡的元始天尊，干掉元始天尊，他就更没什么威胁了。
为了保住自己好不容易得到的战斗果实，惊破天被迫迎战，结果冲锋掠夺主义者等纷纷战死，包括震荡波也被宇宙大帝捏死，而惊破天则被宇宙大帝吞入腹中。
和平主义者们也团结了其他星球的各方力量前来与宇宙大帝展开殊死搏斗。
在飞船被宇宙大帝的火力波轰的即将解体时，热破开着飞船撞瞎了宇宙大帝的一只眼睛，进入了宇宙大帝体内。
在宇宙大帝的腹中，丹尼尔等人救出了大黄蜂和斯派克等被宇宙大帝吞噬的和平主义者。
另一边热破遇到了惊破天，惊破天提议双方联手对抗宇宙大帝，保住他们的塞伯坦恩。
但惊破天随即被宇宙大帝所控制向热破发起攻击。经过一番战斗，热破从惊破天手里抢回了领袖模块，把惊破天从宇宙大帝体内扔了出去，并释放出领袖模块中的反物质能量，引爆了宇宙大帝的能量源
无数年来横行星际的毁灭之神宇宙大帝最终不敌领袖模块的威力，终于被击败，而和平主义者们撞开宇宙大帝的另一只眼睛，逃出生天。不可一世的宇宙大帝直到此时依然认为:
“我命由我不由天，你们毁灭不了我的命运。”
但随即宇宙大帝就发生了大爆炸。
宇宙大帝的身体被摧毁，而他的头变成了塞伯坦恩新的卫星。
这场恶战也是和平主义者和掠夺主义者最后的决战，曾经屡战屡败的和平主义者们已成长为一支不可战胜的队伍，并彻底占领了赛博坦恩星和塞伯坦恩人的所有附属星球。
而残余的掠夺主义者则败逃到宇宙深处，成为了宇宙强盗。
而热破也接过了擎天柱的大旗，成为了和平主义者的新一代领袖，并改名叫补天士。
塞伯坦恩的故事是康多鱼记忆中最经典，但这个世界还没有，康多鱼要靠这部电影赚点钱。
因为现在的世界没有塞伯坦恩的故事，为了让人们更好的接受这个故事，康多鱼在两派机器人的战斗中加入了人类的机甲兵，好增加故事的代入感。