张位、牛秉忠率五万余残兵败将退守大江北岸防守，随即接到坐镇成都的四川巡抚谭希思派人赶来求援，言：一支不下三万人马的汉军正从汉中府攻入保宁府，沿嘉陵江顺流而下攻陷保宁府城阆中，绕过剑门关直奔成都府杀来，四川巡抚谭希思、蜀王朱宣圻请求平播总理张位、川贵总督邢玠派兵救援成都。
张位忙下令川贵总督邢玠退守重庆府城一带防御，命副总兵刘綎、吴广率三万余收拢的明军驻守泸州、叙州府，张位、牛秉忠率三万精锐边军忙赶往成都府增援。
川贵总督邢玠与四川总兵刘承嗣率五万明军及土司兵赶到重庆府东部涪州（涪陵）、酆都沿江一带防御，陆启航刚攻占忠州，收编投降归顺的明军及招募的青壮民兵一万余人，兵力达到四万，在夔州府留下五千大军驻守。
石柱宣抚使马千乘奉命率五千石柱土司兵赶回石柱防御汉军进攻，但令邢玠万万没想到是马千乘刚率五千石柱土司兵回到石柱就宣布主动归顺大汉。
马土司一家接连被大明朝廷治罪，险些丢掉铁饭碗，马千乘叔叔前忠州同知马斗良被流放琼州府，琼州府却被林江发兵攻下，马斗良主动投靠汉军，被军谍司派回四川石柱劝说侄儿马千乘主动归顺大汉。
要说马千乘没有不满明朝绝对是假话，马千乘也深知大明覆亡在即，加上一家老小没少遭罪受，父亲马斗斛还在辽东充军效力，辽东已经被大汉与后金努尔哈赤瓜分了，母亲覃氏和弟弟马千驷也都死在了播州龙岩囤。
马千乘毅然决定主动归顺大汉，随即出兵配合陆启航夹击驻守酆都的四川总兵刘承嗣，刘承嗣率两万明军驻守酆都猝不及防，遭到两路汉军及石柱兵夹攻，伤亡不轻，慌忙率着一万余残兵败将逃到涪州。
邢玠接到张位撤兵退守重庆府城一带防御军令，忙率四万余大军向重庆府城撤退，随即遭到陈武统率的三万汉军突袭进攻。陆启航率四万大军趁势攻取酆都、涪州后，率三万大军与陈武前后夹攻，大破邢玠、刘承嗣大军，俘获近两万明军，邢玠、刘承嗣率一万余残兵败将败逃回重庆府城巴县。
陆启航派出一万水陆大军沿乌江攻下武隆、彭水、沿河各县，酉阳宣抚使冉御龙已归顺大汉，率六千大军配合汉军作战，攻取黔江，杀入施州卫，降服施州卫一众小土司。
林江率十二万大军横扫四川大江以南各州县，亲率六万大军攻打重庆府城巴县。邢玠、刘承嗣、重庆知府王士琦率两万余明军、城中百姓守城。
陆启航指挥海军战船编队从大江、涪江（嘉陵江）上发炮猛轰重庆府城朝天门、洪崖门、金汤门、太平门，陶翔率飞天营主力协助攻城大军轰炸城东朝天门、东水门、千厮门一带，炸得守城明军将士死伤惨重。
明军将士面对汉军多兵种配合作战根本难以抵挡，纷纷溃败下城去，邢玠、刘承嗣忙率数千残兵败将开城西通远门出逃，经佛图关逃往璧山县，重庆知府王士琦率数千残兵败将退守重庆知府衙门，被飞天营空降知府衙门活捉。
林江率汉军大举进攻重庆府西部各县，陆启航率海军战船编队兵分两路作战，一路沿嘉陵江北上攻打顺庆府，另一路沿大江继续西进，协助李毅、胡彪攻打泸州、叙州府。
三边总督李汶率三万余明军渡过黄河坐镇凉州，命甘肃巡抚田乐、甘肃副总兵王鸣鹤统率两万明军赶赴西宁卫迎战来犯的青海蒙古右翼永谢布部领主永邵卜台击五千余部众。
甘肃巡抚田乐派兵一万秘密行军，直捣青海永谢布部老巢，歼灭永谢布部部众，俘获不下一万余老弱妇女及大批战马牛羊而还。甘肃副总兵王鸣鹤也奉命带兵一万出塞百里迎击来犯的阿赤兔和海部之敌，大获全胜，斩首近千。
永邵卜遭到明军调集重兵反击，损失惨重，正预谋着报复，估计明军将士必定会大摆庆功宴，永邵卜亲率精锐骑兵千余人马径直入侵西宁卫南川伏羌堡，遭到归附明朝的西番部众侦得，忙向明军将领报告。
田乐派王鸣鹤率五千精兵在险要之处设伏，王鸣鹤命西番各部部众绕出朵尔硖口（捏尔朵峡，青海湟中上新庄南）左右以外，暗中扼住永邵卜大军后背，王鸣鹤亲率精兵两千人参战。待永邵卜等一千余骑进入峡谷内，明军伏兵发动突袭，永邵卜军首尾不能相顾，在其后的西番部众趁势夹击，永邵卜军大败，得力部将把都尔哈被斩杀，明军斩首近七百，逃到峡谷外的永邵卜残兵败将又遭到西番部众歼灭。明军缴获骆驼、马匹、兵器不计其数，永邵卜只身逃走。
陈阿信率一万汉军赶到定南省前线，坐镇封地孟密指挥陈大成、秦义弘、猛撞、张彪率三路八万大军大举进攻陇川宣抚司铁壁关、南牙关、天马关、汉龙关，陈阿信还携带有六十个飞球前来助战。
云南总兵邓子龙、黔国公沐昌祚同陇川安抚使多思顺、丽江府土知府木旺等率领七万明军及土司兵据关坚守，遭到汉军飞天营及炮军炮火猛轰损失惨重，黔国公沐昌祚、云南都指挥钱中选、张先声驻守的天马关最先丢失，黔国公沐昌祚带着一万余残兵败将败逃到勐卯（瑞丽），与丢失汉龙关的守备张光吟、陇川宣抚使多思顺一万余明军土司兵汇合后退往芒市。
镇守铁壁关、南牙关的邓子龙、木旺接连打退陈大成、张彪三万大军进攻，得知黔国公丢失天马关，汉龙关也随之丢失，担心遭到汉军前后夹攻，邓子龙、木旺不得不放弃铁壁关、南牙关，退守腾冲州。
陈阿信统率三路大军乘胜一举攻下陇川宣抚司，大举进攻芒市，黔国公沐昌祚忙率三万明军土司兵退守潞江（怒江）东岸施甸司，邓子龙、木旺也被迫退守潞江。
张彪、猛撞奉命统率三万大军从木邦渡过潞江一举攻破孟定府，从南面配合潞江西岸的陈阿信统率五万主力大军一举击溃黔国公沐昌祚、邓子龙统的五万余明军。黔国公沐昌祚、邓子龙率三万余明军残兵败将逃往大理府，依托澜沧江防御。
陈阿信统率三路汉军击破云南明军主力后攻占永昌府城保山，随即兵分两路，张彪、猛撞率南路四万大军及明军降兵、土司兵接连攻破顺宁府、大侯州、景东府，活捉景东土知府陶明卿，攻入楚雄府。一向好杀成性的秦义弘被留下率一万余大军奉命驻守陇川，负责为前线大军运送辎重补给。
陈阿信、陈大成统率五万大军及收编的明军降兵、土司兵大举进攻大理府，接连击败邓子龙、黔国公沐昌祚、木旺，攻下大理府城太和。
陈寅、安疆臣、李应祥率六万汉军大举攻入云南，一举攻陷曲靖府、围攻云南府昆明城，在飞天营大队配合轰炸下一举攻破昆明城，云南巡抚陈用宾被迫迎降。
东西两路汉军迅速在楚雄府境内汇合，随即兵分五路攻略云南各府州县，明朝文武纷纷望风而降，各地土司也纷纷主动请求归顺。黔国公沐昌祚同邓子龙率两万余残兵败将退守丽江府，丽江土知府木旺慌忙请降，邓子龙、沐昌祚忙退至永宁府、北胜州。