这天，张居正刚在文渊阁的书案前坐下，便收到了住在老家的夫人王氏的来信。信中说他的父亲张文明葬期定在4月16日，全家人希望他一定回来主持葬礼。又说他的母亲身体尚健，儿孙们活泼可爱之类的家常话。
自从“廷杖”实施之后，朝中大臣们果然老实了许多。李太后、万历皇帝和张居正耳根清静，心情愉悦，日子过得很舒心。
张居正才说痛痛快快地过几天舒心日子，夫人的信又象一块乌云罩在了他的心头，他不觉眉头一皱。
然而，按当时的湖北老家惯例，对父亲尽孝这是最后一次机会了，他不能再犹豫。如果再不回去，朝臣非议不说，就是家乡父老乡亲也会用唾沫将他淹死。况且，他对父亲有着很深的感情，再不回去，他的良心也会受到深深的谴责而心神不宁。
他当即写下奏疏，请求皇上放归回乡安葬。
万历仍不放行。心说：张首辅的事也太多了。但也只是心中想想，不便表露出来。
张居正又屡次上疏，话也说得极为恳切：“死者不可复生，臣岂不知今日之归，无益于臣父之死？且深施恩泽，遣重臣代为营葬已为古今极致。居正唯求一睹父棺，以了此念耳。若夙念不遂，虽强留阁中，而心怀郁结，形神忧思，亦不能专志一念，运筹于国家大事。如蒙垂怜，予臣数月之假，臣私念既遂，志意得抒，唯一心一意，终身侍奉，虽万死无憾——”
万历见张居正归心似箭，话语恳切之至，令人感动。如果再行阻拦，也无益处。便与李太后商议后便准其所奉，但限令他5月中旬赶回京城。又特敕手谕，赐路费银两，以表圣意。
3月21日午后，张居正专程到文华殿面辞。君臣又少不得互相安慰、叮嘱一番，依依不舍地洒泪话别。
临行前，万历又亲遣司礼太监张鲸，在京郊的真空寺为他饯行。文武百官一律出郊远送。
张鲸代表万历和慈圣皇太后，赏赐给张居正甜食、点心及数百两纹银，以备途中赏人。还传慈圣皇太后的手谕说：“先生南归之后，皇爷无所依托，到家事毕，勿要待人催取，早早还京。”
张居正眼含热泪，点头应允。待一场场面宏大的送别酒宴之后，张居正与百官拱手话别，又对吕调阳、张四维二次辅详细抚慰、关照之后，便在喧天的鼓乐声中，踏上了漫漫的归乡之途。
张居正埋葬了父亲，本想在故园陪着母亲多住些时日便一同进京。没想到，万历催他回京的信急如星火，一封接着一封，张居正恐老母亲途中受暑，便在请示万历后，派太监魏朝留下来陪伴母亲，自己乘轿只身返回北京。
在他返乡的日子里，文渊阁便冷清了许多。万历皇帝下令给文书房官员，重要、紧急文件、奏疏一律遣快马送往湖北江陵，让元辅张先生亲自审阅、处理。不太重要的即放在他的书案上，等首辅返京后处理。这样一来，次辅吕调阳、张四维就清闲了许多。
在其位，谋其政。时间一长，二人虽然清闲，但也隐隐产生了一肚子不满。按说万历已经16岁了，朝中政事自己也该有些主意了，可他还像依赖保姆似的依赖着张居正，大小事宜还非得这位首辅大人点了头才算数。
张居正一走，万历就像丢了魂儿、没了主心骨似的乱了章法。
文渊阁中，没了首辅还有次辅呢，可万历对他们二人的办事能力似乎连想都没有想过，这样一来，二人就觉得成了聋子的耳朵——摆设。二人越想越窝火。
吕调阳本是忠厚之人，经张四维冷嘲热讽地一刺激，便感情用事，索性称病致仕回乡去了。阁中只剩下张四维一个人。
张居正回京后，虽对吕调阳的离去有些惋惜，但其本人退意已决，无可挽回，便奏明万历，将张四维提升为唯一次辅，后又以加强内阁为名，调马自强和申时行入阁。
内阁官员配备齐全，张居正就重新开始了他的改革大业。自从“夺情”留任的风波平息之后，张居正从老家葬父归来，尚对朝中官员耿耿于怀。
尽管对吴中行、邹元标等5人实行了廷杖的酷刑，他知道这批人表面不再说什么，内心里却仍在嫉恨自己。一遇合适时机，他们又会兴风作浪。张居正便在心中谋算好，伺机对这批人狠狠打击，以达到除恶务尽的目的。
按惯例，万历5年应该考核京官。张居正寻思，必须在这上面做文章方能借题发挥，清洗掉这些奸佞小人。
考核京官的前3天晚上，彗星拖着长长的尾巴，从东南方向升起，炽烈如电，雪亮耀眼，绵亘了大半个天空。百姓纷纷议论，恐是不祥之兆。张居正抓住时机，请来了懂星象的道人，请解星象。
那空空道观的道士名叫普慧，是京城周围很有名气的星象家。普慧道士摇头晃脑地说：“贫道夜观天象，见彗星从东南方突兀升起，横亘于天。且光如烈日，久不消失。此乃不祥之兆，近来必有妖异出现。”
张居正装作很虔诚地问：“请问大师，妖异应在何处？”
普慧“豁啷啷”摇了一阵竹签，答道：“据贫道观察，妖异不在天灾，而在人祸。”
“请问大师，祸应在什么地方？”
普慧环视了一下左右，小声说：“应在皇宫不远的地方。”
张居正又问：“大师能否再说得详细一点。”
普慧道人有点不耐烦地回答：“天机不可泄漏。贫道再无可奉告。”
送走普慧道人，张居正拜见了万历皇帝。将道士的话加油添醋地转达给万历。
万历问道：“依元辅先生看，灾祸可能应在何处？”
张居正仰头思索了一刻，说：“恐怕与反对我夺情的人有关。虽说对那5人实行了廷杖，可那是一大批人啊。虽说表面这些人老实了，但好多人心怀不满，还想伺机反扑，皇上对此不能不察。”
“依元辅先生看，该如何处置呢？”万历诚心诚意地问。