9:10，田纳西号战列舰在遭到了日本第二攻击波连续攻击后，发生严重倾斜，并且撞向了在一旁已经，半沉没的亚利桑那号的沉舰废墟。
9:15。在之前已经屡遭攻击的马里兰号战列舰，在遭到三枚重磅炸弹和两枚鱼雷的攻击之后，发生了大角度倾斜，整个舰体从中间破裂随后沉没在了珍珠港。
9:22，企业航空母舰派出的侦察机，在珍珠港以北132海里处，发现了日本侦查舰队的驱逐舰。并向太平洋舰队报告了这一消息。
与此同时，被企业号航空母舰发现的驱逐舰也向机动舰队的指挥官，南云忠一一报告了这个事情，此事件让南云忠一认为美国的航空母舰编队就在附近。
这使得他开始对于舰队的安全性产生怀疑。
9:30到9：45，第二攻击波开始对珍珠港发动延伸攻击，这次的攻击目标不仅局限于珍珠港内的战列舰，巡洋舰等大型军舰。
而且包括了珍珠港的附属机构，造船厂，飞机场以及位于瓦胡岛北部的大型储油设备。甚至于连珍珠港的城区都不放过。
10：00，美国太平洋舰队司令金梅尔以联合军事指挥司令部海军司令的身份，向所有盟国下达了命令，让他们做好战斗准备。
10:15，美国企业号航空母舰得到了来自太平洋舰队的直接指令，要求企业号航空母舰迅速向珍珠港靠拢，准备迎击日本可能发动的第三波攻击。
10:35，攻击开始减弱，大部分第二攻击波的日本飞机已经投弹完毕，并且开始对幸存目标进行打击，而一部分已经完成任务的日本第二攻击波开始返航。
10:45，夏威夷消防队员向司令部报告了，有四人死亡的消息，四人死亡，很有可能是日本轰炸或者俯冲扫射造成的。
10:50，第一攻击波抵达母舰舰队，开始进行补给。
根据之前的计划，第一攻击波将在补给完毕之后发动，对夏威夷的第三次攻击。
但是对于第三次攻击，舰队的指挥官南云忠一和航空部队的指挥官渊田美津雄大佐，产生了不同的看法。
11:15，美国驻夏威夷总督，向夏威夷全部地方政府发布命令，宣布夏威夷进入紧急状态，并要求所有民政部门听从军队的指令。
11:36，有在瓦胡岛北部的居民向美国夏威夷的驻军，报告说，日本在瓦胡岛北部发动了登陆作战，这使得整个夏威夷地区一时间陷入了巨大的紧张混乱状态。
但是随后，派出的侦察兵报告显示，日本并没有在瓦胡岛北部发动登陆作战，这使得本来要陷入混乱中的夏威夷方面，暂时安定了下来。
12:15，在第一次发现日本驱逐舰编队之后，企业号航空母舰再度派出的侦察机，向瓦胡岛以北进行侦察，希望能够发现日本的航空母舰舰队。
但是这次侦查并没有发现日本航空母舰编队，侦察机同日本的航空母舰编队擦肩而过，不过，这使得日本机动舰队指挥官南云忠一的压力进一步增大。
随着时间的推移，他认为，自己指挥到机动舰队迟早会被对方所发现。
12:35，从美国本土，匆忙赶来的75架支援战机抵达夏威夷，并且开始进入紧张的备战状态，随时准备应对第三攻击波，并且开始，寻找发动这次攻击的日本舰队。
12:50，渊田美津雄和南云忠一产生了巨大争论。
渊田美津雄大佐认为，只有发动第三攻击波才能使圆满的完成这次任务。
虽然攻击取得了极大的效果，摧毁了美国太平洋舰队的主力，但问题在于，美国人可以利用夏威夷的相关设备轻易地修复这些战舰。
不过出于对机动舰队本身的安全性的担忧，南云忠一拒绝了对方，提出发动第三攻击波的请求。
他向所有前置舰队发布命令，要求还没有返航的战机，迅速返航所有，辅助舰队做好返航准备。
1:10，正在南太平洋地区执行任务的萨拉托加号航空母舰，在得到了太平洋舰队的紧急命令之后，已经赶回到了夏威夷，200海里之外。
同企业号组成了双航母战斗群，双方的侦察机正在夏威夷以北紧张有序的搜索着日本舰队的踪影。
同时，越来越多的美军飞机从美国本土抵达夏威夷，这些美军飞机无论是侦查机还是轰炸机，全部起飞寻找日本机动舰队的行踪。
1:30，南云忠一在得知了萨拉托加号航空母舰和企业号航空母舰已经组成双航母战斗群，并且大批的美国本土飞机已经抵达夏威夷的情况下，在思索了片刻之后，直接下达了全舰队返航命令。
1:45，最后一艘在同美国海军作战的日本潜艇脱离战斗。
至此，对珍珠港的攻击行动全面结束。
4:45，夏威夷总督签署了行政命令，宣布夏威夷进入战争状态。
从7:30左右，第一攻击波抵达珍珠港上空，到1:30第二攻击波返航，整个攻击力全部用时6个小时。
日本航空兵，在用极其微小的代价，取得辉煌的胜利。
其击沉了，亚利桑那号战列舰，宾夕法尼亚号战列舰，田纳西号战列舰，内华达号战列舰，马里兰号战列舰。
停泊在珍珠港的太平洋舰队的八艘战列舰，有五艘直接被击沉，剩余的三艘全部遭到了极其惨重的损伤。
与此同时，在珍珠港内停泊的，其他巡洋舰和驱逐舰也遭到大量的损失。
有六艘重巡洋舰直接被击沉，被击沉的驱逐舰高达17艘，整个太平洋舰队主力几乎全军覆没。
夏威夷的空军也遭到极大的损失，有273架飞机，停在地面上没有来得及起飞，就被日本空军摧毁。
其中有57架飞机升上天空之后被日军机会而日本航空兵一共只有43架飞机被击毁。
整个夏威夷地区的人员伤亡，达到了2745人。
虽然这次攻击取得了极其辉煌的成功。
但是，作为这次攻击最为主要的目标，美国太平洋舰队的三艘航空母舰，没有一艘在这次攻击中受损。
企业号和萨拉托加号，甚至还在战役的后期组成了双航母战斗群，准备寻找日本机动舰队主力进行决战。。。